В соответствии с Уставом учреждение имеет следующую структуру управления:Высшим органом управления Учреждения является учредитель. К его компетенции относится изменение Устава; определение приоритетных направлений деятельности, принципов формирования и использования имущества; назначение и досрочное прекращение полномочий Директора и Ревизора; утверждение годового отчёта, годового бухгалтерского баланса, финансового плана; создание филиалов и открытие представительств; решение вопросов об участии в других организациях; решение вопросов о реорганизации и ликвидации Учреждения;
Единоличным исполнительным органом управления учреждения является Директор, который организует выполнение решений высшего органа управления; руководит учебной деятельностью; действует от имени Учреждения, представляет его во всех учреждения, организациях и предприятиях; заключает договоры, выдает доверенности, издает приказы и даёт указания, обязательные для всех работников, обучающихся Учреждения; организует приём и отчисление обучающихся, прием (увольнение) работников; обеспечивает выполнение планов деятельности Учреждения и т.п.
Коллегиальными органами управления являются:Педагогический совет — действует в соответствии с
Положением о педагогическом совете. К его компетенции относится рассмотрение сложных педагогических и методических вопросов, вопросов организации учебного процесса, изучения и распространения передового педагогического опыта.
Директору ЧУ ДПО «Школа охраны «Феникс-М» организационно подчинены заместитель директора, преподаватели, административно-вспомогательный персонал.
Заместитель директора исполняет обязанности директора в его отсутствие.